北京中醫(yī)藥大學深圳醫(yī)院始建于2012年，占地面積7.8萬㎡（在建9.7萬㎡），2016年10月掛牌成為北京中醫(yī)藥大學深圳醫(yī)院（北京中醫(yī)藥大學第五臨床醫(yī)學院）。2018年成功創(chuàng)建成為三級甲等中醫(yī)醫(yī)院，2023年高分通過三級甲等中醫(yī)醫(yī)院復審。
近年來，醫(yī)院保持良好發(fā)展勢頭，各項事業(yè)取得重大突破。在全國率先提出“三共享、兩獲得、一滿意”基層中醫(yī)藥改革目標，形成“龍崗經(jīng)驗”，榮登2021年全國中醫(yī)藥創(chuàng)新發(fā)展成績單榜首；建成深圳市內(nèi)******中醫(yī)藥博物館，積極開展中醫(yī)文化科普宣傳，榮獲“中華中醫(yī)藥學會科普基地”“廣東省中醫(yī)藥文化宣傳教育基地”等稱號；搭建“海峽兩岸暨港澳地區(qū)中醫(yī)藥國際交流中心”和“珠三角中醫(yī)藥創(chuàng)新聯(lián)盟”兩大平臺，促進粵港澳大灣區(qū)中醫(yī)藥交流；建設全國******5G智慧中醫(yī)健康管理平臺，通過國家互聯(lián)互通五乙測評，智慧醫(yī)療建設躋身深圳市******水平；榮獲龍崗區(qū)委授牌龍崗區(qū)衛(wèi)健系統(tǒng)******黨員教育示范基地、中醫(yī)藥專業(yè)化“五老工作室”；牽頭成立深圳市治未病中醫(yī)研究院、龍崗區(qū)中醫(yī)藥學會；獲批廣東省胸痛中心、深圳市卒中中心；成為廣東省首批10家中醫(yī)經(jīng)典病房試點單位之一；創(chuàng)建ISO15189醫(yī)學實驗室；7個專業(yè)組均順利通過藥物臨床試驗機構及醫(yī)療器械臨床試驗機構現(xiàn)場檢查；成為北京中醫(yī)藥大學研究生獨立招生單位、基層“西學中”能力建設工程帶教基地、廣東省中醫(yī)住院醫(yī)師規(guī)范化培訓基地協(xié)同單位、廣州中醫(yī)藥大學研究生聯(lián)合培養(yǎng)基地、廣東省及深圳市中醫(yī)專科護士培訓基地、深圳市博士后創(chuàng)新實踐基地、深圳市中醫(yī)治未病醫(yī)療質(zhì)量控制中心的掛靠單位等；牽頭制定的全國首部治未病服務地方標準---《深圳市醫(yī)療機構中醫(yī)治未病工作規(guī)范》正式發(fā)布；在近年全國三級公立中醫(yī)醫(yī)院績效考核中穩(wěn)居全國百強中醫(yī)院，連續(xù)4年評級為A，名次逐年提升。
醫(yī)院現(xiàn)有兩個院區(qū)，分別是院本部和園山院區(qū)。院本部設有臨床科室35個、醫(yī)技科室9個、門診部3所、社康中心8家、社康站4家，開放床位723張；園山院區(qū)設有臨床科室20余個、醫(yī)技科室4個，開放床位30張，與院本部同質(zhì)化管理。擁有*********中醫(yī)優(yōu)勢專科建設項目1個（肝病科）、省級重點專科4個（婦科、針灸科、肝病科、治未病科）、市級中醫(yī)臨床重點專科1個（治未病科）、市級中醫(yī)特色?？?個（肝病科、婦科、針灸科、腎病科）、市中醫(yī)重點?？婆嘤椖?個（中醫(yī)護理）。
醫(yī)院牽頭組建了龍崗區(qū)中醫(yī)醫(yī)療集團，集團內(nèi)有5家醫(yī)院、60余家社康中心；牽頭成立了龍崗區(qū)中醫(yī)學科聯(lián)盟，聯(lián)合全區(qū)12家公立醫(yī)院中醫(yī)科、8家民營醫(yī)院、167家社康中心、6家民營中醫(yī)門診部（中醫(yī)館）等，努力夯實基層中醫(yī)藥服務網(wǎng)絡。
醫(yī)院作為臨床醫(yī)學院，設立了內(nèi)、外、婦、兒等教研室7個，年接收北京中醫(yī)藥大學臨床實習生40余名，其他實習、進修人員200余名；作為北京中醫(yī)藥大學研究生獨立招生單位，招收全日制博士、碩士60名；作為廣東省中醫(yī)住院醫(yī)師規(guī)范化培訓基地協(xié)同單位，接收中醫(yī)住培學員55名。
截止2023年底，醫(yī)院共有職工1544人，其中，衛(wèi)生專業(yè)技術人員1306人，高級職稱189人，博士60人，碩士322人，博士生導師3名，碩士生導師20名，*********專委會主委1名，省級專委會主委6名，市級專委會主委12名，引進了兩名院士和三名國醫(yī)大師等17個高水平醫(yī)學團隊。2023年醫(yī)院門急診服務人次176萬，年出院人次2.8萬。