北京腦重大疾病研究院（簡稱“腦院”）是2012年8月由北京市批準(zhǔn)成立、掛靠于首都醫(yī)科大學(xué)、具有獨立法人全額撥款的事業(yè)單位，是首都科技體制機制改革的試點單位。腦院通過協(xié)調(diào)首都醫(yī)科大學(xué)及附屬醫(yī)院神經(jīng)科學(xué)方面的優(yōu)勢資源，探索事業(yè)單位與企業(yè)結(jié)合的雙軌運行機制，以高水平神經(jīng)科學(xué)的學(xué)科為基礎(chǔ)，以重大發(fā)現(xiàn)、重大發(fā)明為目標(biāo)，形成科學(xué)研究、成果孵化和人才培養(yǎng)的平臺基地。
腦院實行理事會******下的院長負(fù)責(zé)制，理事會為腦院事務(wù)決策機構(gòu)，負(fù)責(zé)日常事務(wù)和重大事務(wù)的決策機制；科學(xué)指導(dǎo)委員會作為腦院最高學(xué)術(shù)******機構(gòu)，理事會授權(quán)科學(xué)指導(dǎo)委員會對學(xué)術(shù)問題作最后決定，實現(xiàn)學(xué)術(shù)設(shè)計、學(xué)術(shù)評價和學(xué)術(shù)推動的決策機制。腦院下設(shè)腦卒中、阿爾茨海默病、帕金森病、腦腫瘤、癲癇、神經(jīng)損傷與修復(fù)、抑郁癥以及精神分裂癥8個研究所；綜合、人事與外事、科技與開發(fā)以及財務(wù)4個辦公室。首都醫(yī)科大學(xué)黨委常委、副校長、神經(jīng)病學(xué)與衛(wèi)生事業(yè)管理學(xué)博士生導(dǎo)師吉訓(xùn)明教授受學(xué)校黨委任命，擔(dān)任腦院院長及法人代表；各研究所所長和副所長由國內(nèi)本領(lǐng)域優(yōu)秀的臨床專家和基礎(chǔ)研究專家分別擔(dān)任；腦院管理人員均為研究生以上學(xué)歷，其中博士研究生4人。
腦院由專任（編制在腦院）、兼任（編制在腦院以外的首都醫(yī)科大學(xué)及附屬醫(yī)院）以及兼職（編制在首都醫(yī)科大學(xué)及附屬醫(yī)院以外）教授三種形式組成研究團隊。目前共有專任、兼任、兼職教授共130人（其中專/兼任79人，兼職教授51人）。目前已建立利益分配、成果共享與風(fēng)險分擔(dān)的機制；在國家需求的前提下，以項目團隊為基礎(chǔ)，建立學(xué)科團隊整合機制和以任務(wù)為驅(qū)動的人才聘任機制，實現(xiàn)領(lǐng)域內(nèi)外相關(guān)學(xué)科團隊協(xié)同增強研究實力和水平，解決相應(yīng)問題推進研究進展；以培育和建設(shè)項目經(jīng)費配置為基礎(chǔ)，建立研究與成就的考評與激勵機制，激勵專家和學(xué)科團隊實現(xiàn)可預(yù)期的重大發(fā)現(xiàn)；以專利效益回報或股權(quán)效益回報為基礎(chǔ)，激勵專家和學(xué)科團隊實現(xiàn)可應(yīng)用的重大發(fā)明；以崗位聘任津貼和勞務(wù)津貼為基礎(chǔ)，激勵專家和學(xué)科團隊積極置身中心的建設(shè)和發(fā)展；建立人才培養(yǎng)評價制度，對于由腦院經(jīng)費支持的各級各類人員培養(yǎng)實行入軌遴選、過程評價和結(jié)果評估，實行滾動準(zhǔn)入和退出機制；建立有效的協(xié)同單位之間的協(xié)調(diào)機制，以理事會為最終協(xié)調(diào)機構(gòu)，形成協(xié)同單位在學(xué)科、人才、信息、條件和項目等方面的資源匯集和協(xié)調(diào)機制。
2012年，首都醫(yī)科大學(xué)倡導(dǎo)，與世界前50強學(xué)校中的美國哈佛大學(xué)、麻省理工學(xué)院、約翰·霍普金斯大學(xué)、瑞典卡羅林斯卡醫(yī)學(xué)院、加拿大不列顛哥倫比亞大學(xué)、澳大利亞墨爾本大學(xué)、法國巴黎第六大學(xué)共同發(fā)起建立的國際轉(zhuǎn)化神經(jīng)科學(xué)聯(lián)盟（International Alliance for Translational Neuroscience，IATN）是目前國際******的轉(zhuǎn)化神經(jīng)科學(xué)聯(lián)盟。IATN由腦院負(fù)責(zé)總體運行與聯(lián)絡(luò)，王曉民教授擔(dān)任IATN主席，徐志卿教授擔(dān)任IATN秘書長。IATN以轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)理念為指導(dǎo)，針對人腦重大疾病，利用首都醫(yī)科大學(xué)豐富的臨床資源及外方的先進理念開展合作研究；以腦重大疾病為主題方向的聯(lián)合學(xué)術(shù)研討會和講習(xí)班作為學(xué)術(shù)交流平臺，加強校際合作和學(xué)科交叉，探索疾病發(fā)病機制和干預(yù)手段，同時通過聯(lián)合培養(yǎng)研究生的模式促進科研和教育的合作，培養(yǎng)和打造轉(zhuǎn)化神經(jīng)科學(xué)研究的領(lǐng)軍人才。